emacsでmercurialのバージョン管理下にあるファイルを開いたり 保存したりすると，一瞬固まることに気がつきました．
自前ビルドしたemacsを使ってるのが原因かと思ったので， NTEmacs64を インストールしてみたのですが症状は変わらず．
どうやらvc.elが原因のようです．これは，オープンや保存の際に 内部でhgコマンドを実行しているようで巨大なリポジトリをいじっている場合には 注意が必要なようです．
とりあえずemacsでバージョン管理の某をするつもりはないので， ~/.emacs/init.elに以下のように書きました．
(setq vc-handled-backends nil)
これでとりあえず解決できる模様．
有用な情報ありがとうございます。大変初歩的な質問で申しわけありませんが、上記のようにプチフリーズするときに、何を実行しているときなのかを突き止めるのはどうすればよいのでしょうか？ 同様の状況に悩まされており、上記変数だけでは解決しませんでしたので、その方法さえわかれば、原因にたどり着けるのではないかと期待して、ご質問させて頂きました。
お忙しいところすみません。可能ならお知恵を貸して下さい。 今や、emacs使ってる人が絶滅に近くなってきて悲しいところです。